（一）综合科

负责中心日常行政工作，起草综合性材料、重要文件报告；负责办公设备的采购与管理；负责单位信息网络建设；承担文秘、会务、信息、综治、信访、档案、保密、政务公开、后勤等工作。

（二）组织人事科

负责干部人事、劳动工资、效能建设、专业技术人员管理、机构编制、人事档案管理、教育培训等工作；负责离退休人员的管理服务工作。

(三) 应急保障科

协助做好海事管理的行政辅助工作；参与航道禁航区、交通管制区、港外锚地和安全作业区等水域划定；协助做好安全生产工作；负责通航环境保障新技术的研究应用和推广。

（四）港航服务科

协助做好港口、航道建设及管理的行政辅助工作；负责港航审批、许可的行政辅助工作；协助制定全市航道养护政策、标准；协助做好全市航道养护的行政辅助工作；负责航道测量、航标设置及维护、沉船打捞的组织工作;协助做好行业规划、计划编制工作；协助做好环境保护工作。

（五）船舶检验科

负责上级部署的全市运输船舶和船用产品的法定检验工作；参与重、特大水上交通事故相关船舶技术问题的调查。

（六）水运服务科

协助做好水路运输管理的行政辅助工作；负责上级决定的水路运输课题研究、标准制定、政策研究、水路运输统计等工作；协助做好水路运输行业节能减排、国防交通等工作；负责信用体系建设工作；负责互联网+政务服务方面的工作。

（七）财务科

负责财务管理和会计核算工作；负责财务收支预算、决算编制和执行工作；负责预算资金绩效管理；负责国有资产价值和实物管理；负责内部审计工作。

（八）政务服务科

负责船员、船舶登记证书的补发以及污损换发工作，船舶文书的签发工作；协助做好海事行政审批的辅助工作。

    （九）党群工作科

负责党的建设和思想政治工作；负责党员、干部党纪、政纪教育；负责单位工、青、妇工作及精神文明建设、计划生育工作；负责党的纪律检查和行政监察工作；负责开展党风廉政建设和反腐败工作，落实党风廉政建设责任制；参与党员干部和其他监察对象违反党纪政纪的案件及其他重要案件的查处。